Sophieskolen er organiseret i to afdelinger med 0. - 5. kl. og 6. - 9. kl.
Derudover tilbyder skolen MOF - modtagefunktion for 6. - 9. kl., som er sprogtilbud til nyankomne elever med anden etnisk herkomst.
Vi har også et UC (udviklingscenter) som er et centralt visiteret tilbud til unge med forskellige udfordringer. UC organiseres og forandrer sig organisationsmæssigt hele tiden, afhængig af de elever, som befinder sig i UC.